Program pendidikan di Pesantren Ilmu Al Quran terdapat 2 macam :

I. Reguler, meliputi :

A.Madrasah Diniyah

1. Jenjang Pendidikan
   Jenjang pendidikan di madrasah diniyah adalah jenjang ibtidaiyah ditempuh selama 6 tahun yang dibagi menjadi 2 tahap:
   • Tahap Dasar
     Tahap ini ditempuh oleh para santri pada tahun pertama masuk pesantren. Pada tahap ini santri diberikan kajian-kajian dasar keislaman dengan alokasi waktu 1 jam per hari atau 20% dari waktu belajar yang harus dijalani dalam sehari.
   • Tahap Lanjutan
     Tahap ini ditempuh selama 5 tahun masa belajar sebagai kelanjutan dari tahap dasar dengan materi kajian yang lebih lengkap dan luas sesuai dengan tingkatan kelasnya. Pada tahap ini alokasi waktu yang diberikan adalah 3 jam/hari; 2 jam pada malam hari dan 1 jam pada pagi (bagi yang sekolah sore) dan sore (bagi yang sekolah pagi) atau 60% dari total waktu yang disediakan dalam satu hari.
2. Sistem Kelas dan Pembelajaran
   Pengajaran madrasah diniyah dilaksanakan dengan menggunakan sistem klasikal dengan nama abjad a, b dan seterusnya. Adapun kategori klasifikasinya disesuaikan dengan kemampuan atau tingkatan kelas bahasa Arabnya masing-masing. Sedangkan sistem pembelajarannya dibagi menjadi 2 tahap :
   • Tahap tiga tahun pertama
     Pada tahap ini guru memerankan 80% dari jalannya belajar mengajar di kelas, artinya guru dituntut untuk membantu menterjemah dan menjelaskan secara lengkap pelajaran-pelajaran yang diberikan pada tiap mata pelajaran.
   • Tahap tiga tahun kedua
     Pada tahap ini guru hanya memerankan 50% jalannya belajar mengajar di kelas, guru sifatnya hanya sebagai pembimbing santri di dalam membaca, menterjemah dan memahami pelajaran yang dikaji di kelas.
3. Syarat Mengikuti Ujian
   • Mengikuti 50% proses belajar mengajar.
   • Memenuhi persyaratan akademik dan non akademik yang ditetapkan oleh madrasah diniyah.
   • Lunas syahriyah pada 6 bulan pertama untuk tiap semester
4. Kriteria Kenaikan Kelas dan Bintang Kelas
   • Santri dinyatakan naik kelas apabila memiliki nilai (min) 6,0 yang diambil dari akumulasi nilai rata-rata semester ganjil dan semester genap.
   • Penentuan ranking dilakukan dengan melihat nilai rata-rata pelajaran. Apabila ada kesamaan pada nilai rata-ratanya, maka dilihat dari nilai Al Quran, bahasa Arab, nahwu, shorof, praktek baca kitab, praktek ibadah secara urut
   • Nilai yang masuk di dalam raport adalah hasil pembagian dari ulangan harian dan ujian semester serta pertimbangan dari pengajar mata pelajaran apabila dianggap perlu.
   • Ujian komprehensif dilaksanakan bagi kelas VI pada semester ganjil dengan materi mulai kelas I sampai kelas VI.
5. Wali Kelas
   Wali kelas adalah guru yang ditunjuk oleh kepala madrasah sebagai pengawas dan penanggung jawab jalannya proses belajar mengajar di kelas yang dibawahi. Adapun daftar wali kelas madrasah diniyah tahun ajaran 2007/2008 sebagai berikut :

KELAS	PENGAJAR		KELAS	PENGAJAR
I A	Ust. Maman Sulaiman		III A	Ust. M. Luthfillah
I B	Ust. Ridlo El Hajj		III B	Ust. Shohibul Marbait
I C	Ust. Robby Rodiana		III C	Ust. Khoirul Anwar
I D	Ust. Hany Aulia		IV A	Ust. M. Ihsan
II A	Ust. M. Irfan Afandi		IV B	Ust. Abdullah Haris
II B	Ust. A. Mutqin		V	Ust. Yasin Wasiat
II C	Ust. Saiful Khumaidi		VI	Ust. Abdul Qodir

B. Program Al Quran

Sesuai dengan nama dari pesantren ini maka pembelajaran Al Quran menjadi salah satu materi pokok (selain bahasa Arab) yang memperoleh perhatian lebih dari yang lain.

1. Tahap Pengajaran
   • Tingkat dasar, ditempuh pada tahun pertama santri masuk pesantren. Alokasi waktu yang diberikan adalah dua jam perhari atau 40 persen dari total waktu belajar reguler santri. Pada tahap ini santri ditargetkan (bagi yang mampu) mengkhatamkan Al Quran 30 juz dengan bacaan murottal dan mujawwad dalam satu tahun bagi mereka yang mampu.
   • Tingkat lanjutan, pada tahap ini alokasi waktu yang diberikan adalah 1 jam/hari atau 20 % dari total waktu belajar santri
2. Sistem Pengajaran
   Pengajaran Al Quran sejak tahap pembekalan dilaksanakan dengan sistem klasikal, di mana santri ditempatkan pada tiap-tiap kelas sesuai dengan kemampuan baca Al Quran dengan batas maksimal dalam satu kelas 25 orang. Selanjutnya pengajaran dilaksanakan melalui beberapa tingkat kelas yaitu:
   1. Kelas pemula. Kelas ini ditempuh pada juz 30 dengan mempraktekkan bacaan tahqiq. Guru banyak memberikan contoh bacaan-bacaan Al Quran dengan ritme pelan dan banyak mengulang beberapa huruf atau ayat yang perlu untuk diulang yang kemudian ditirukan oleh santri baik secara bersama ataupun sendiri-sendiri. Dan setelah dipandang baik bacaannya, santri dikenalkan bacaan tartil secara terpimpin.
   2. Kelas lanjutan. Kelas ini memiliki tiga bagian :
      • Juz 1 s/d 7. Pada bagian ini guru tetap memakai bacaan tahqiq, namun sekedar untuk melatih pengucapan beberapa huruf atau kata yang dirasakan sulit. Selanjutnya guru mempraktekkan bacaan tartil dan ditirukan oleh santri sebanyak tiga kali pada setiap ayat atau tanda waqof.
      • Juz 8 s/d 15. Pada bagian ini guru memimpin santri dalam membaca Al Quran dengan tartil, lalu santri menirukannya satu kali. Sebelum bubar, maqro`/pelajaran yang telah disampaikan pada pertemuan itu dibaca ulang secara bersama-sama.
      • Juz 16 s/d 30. Di sini guru berperan sebagai mushohih yang tugasnya hanya mengoreksi bacaan santri sambil sesekali memberikan tambahan-tambahan materi bacaan yang belum diketahui oleh santri. Sedangkan santri memimpin bacaan secara bergantian. Setelah selesai pelajaran, maqro yang telah diajarkan diulang bersama.
        Di semua bagian di atas, sebelum menambah maqro/pelajaran berikutnya, dilaksanakan muroja`ah (membaca ulang secara bersama pelajaran yang telah diajarkan pada pertemuan sebelumnya).
   3. Kelas muroja`ah. Adalah kelas santri yang dipersiapkan untuk mengikuti ujian Nihaiy (ujian final) dan kelas yang dipersiapkan bagi santri akan mengikuti ujian pengambilan ijazah setelah dinyatakan lulus dalam ujian Nihaiy yang mana masing-masing ditempuh selama satu semester
   4. Kelas tafsir. Kelas ini dipersiapkan bagi santri yang dinyatakan lulus ujian pengambilan ijazah. Di samping mereka mengkaji bacaan Al Quran, mereka juga mengkaji tafsirnya dengan menggunakan kitab panduan. Tafsir Jalalain bagi pemula dan Tafsir Muqoronah bagi yang telah mahir. Di sini santri dituntut aktif karena mereka tidak hanya menerima penjelasan-penjelasan tentang materi tafsir yang dikaji, namun juga dilatih menggubah/mengungkapkan kembali materi tafsir dengan bahasa mereka, baik dengan lisan maupun tulisan.
3. Ujian Al Qur an
   1. Tahap ujian dilakukan dengan 2 tahap :
      • Tahap kenaikan tingkat, meliputi : juz 30, juz 1 s/d 7, juz 8 s/d 15
      • Tahap pelulusan : juz 1 s/d 30
   2. Dewan penguji adalah orang yang ditunjuk oleh muharik Al Quran atas persetujuan pengasuh, 3 orang untuk ujian kenaikan dan 5 orang untuk ujian pelulusan ditambah pengasuh
   3. Sistem ujian. Peserta ujian membaca ayat yang diminta oleh penguji, masing - masing 2 halaman
   4. Kriteria penilaian. Kesalahan maksimal bagi peserta ujian kenaikan adalah 30. Adapun peserta ujian pelulusan harus melewati dua majlis
      • Majlis A : Dewan penguji berasal dari asatidz senior yang ditunjuk oleh pengasuh. Peserta diperkenankan melanjutkan ujian ke majlis B bila memiliki nilai <= 40
      • Majlis B : Diuji oleh pengasuh langsung dengan materi juz 25 s/ d 30. Santri dinyatakan lulus apabila memiliki kesalahan <= 10
   5. Materi penilaian meliputi :
      • TAJWID: Makhroj, Sifat Huruf, Ahkamul Huruf, Ahkamul Mad, Waqof Ibtida`
      • FASHOHAH: Muroah Huruf, Bacaan Miring, Bacaan Tawallud, Kelancaran
   6. Hak dan Kewajiban Peserta yang Lulus
      Peserta yang lulus berhak memperoleh ijazah apabila :
      1. Melunasi administrasi pengambilan ijazah
      2. Dinyatakan lulus pada ujian pengambilan ijazah dengan materi :
         • Materi Hafalan : Waqi`ah, Yasiin, Al-Mulk, At-Takatsur s/d An-Naas, Al-A`la dan Al-Ghosyiyah
         • Materi Teori : Mabadi` ilmi tajwid
      3. Telah mengikuti diklat metode pengajaran kitab Bil Qolam dan tartil ala PIQ
   7. Masa Ujian dan Wisuda
      1. Ujian Kenaikan : Dilaksanakan sesuai dengan kemampuan santri pada tiap jenjang.
      2. Ujian Final/Niha`iy : Dilaksanakan pada tiap akhir semester, semester ganjil bagi pemula dan semester genap bagi yang mengulangi.
      3. Wisuda dilaksanakan pada acara pertemuan wali santri dan penerimaan raport akhir tahun ajaran.
   8. Pelaksana dan Penanggung Jawab Program
      Pelaksana semua program dikoordinir oleh muharrik Al Quran yang bertanggung jawab langsung kepada Kepala Madrasah.

Daftar Guru-Guru Pengajar Al Quran dan Tafsir

B. Program Bahasa Arab

Program ini mendapatkan tempat penting sebagaimana Al Quran Karena dimaksudkan sebagai pendukung kemampuan santri di dalam mendalami pelajaran-pelajaran yang notabene 90 % menggunakan bahasa Arab. Maka keberhasilan santri mengikuti program ini sangat mempengaruhi prestasi akademik� pada pelajaran yang lain.

1. Tahap Pengajaran, dibagi menjadi 2 tahap :
   1. Tahap dasar. Tahap ini ditempuh pada tahun pertama santri masuk pesantren. Di sini santri mendapatkan alokasi waktu belajar 2 jam/hari atau 40 % dari total waktu belajar regular, dengan harapan santri pada tahap ini telah menguasai kemampuan dasar memahami teks-teks Arab dan mampu menuntaskan materi kitab Madarij Durus Al Arobiyah.
   2. Tahap lanjutan. Merupakan tahap lanjutan dari tahap sebelumnya. Perbedaannya santri hanya memperoleh alokasi waktu 1 jam/hari atau 20 % dari total waktu belajar regular.
2. Sistem Pengajaran
   Sistem pengajarannya menggunakan metode klasikal, di mana santri ditempatkan pada kelas-kelas berdasarkan kemampuan bahasa Arabnya masing-masing dengan jumlah santri maksimal 25 orang perkelas. Selanjutnya pengajian bahasa Arab dilaksanakan dengan menggunakan sistem CBSA, di mana santri dituntut untuk aktif di dalam mengikuti pelajaran bahasa Arab baik yang berbentuk qiro`ah, muhadatsah, insya` dan istima`. Kemudian kelas bahasa Arab secara umum dibagi menjadi 2 
   1. Kelas Madarij : Ditempuh pada tahap pendasaran
   2. Kelas Pasca Madarij : Ditempuh pada tahap pengembangan
3. Sistem Ujian dan Kenaikan
   1. Materi Ujian
      Ujian pada tiap tingkat selain ujian final dilakukan secara berkala 3 bulan sekali dengan materi ujian yang ditentukan pada tiap jilid. Adapun ujian final (al-ikhtibar an nihai) dilakukan secara berkala tiap akhir semester dengan materi :
      • Tulis (dilaksanakan di kelas masing-masing), meliputi :
        • Insya` : yaitu ujian kemampuan mentranslasi bahasa Indonesia ke bahasa Arab dengan baik dan benar.
        • Qiro`ah : yaitu ujian kemampuan pemahaman santri pada teks-teks Arab.
      • Lisan (tes ini dilaksanakan dihadapan para santri selain peserta tes), meliputi :
        • Mufradat : yaitu ujian kemampuan menghafal mufradat-mufradat yang ada di dalam kitab Madarij dan menerapkannya dalam kalimat mufidah.
        • Shorof : yaitu ujian kemampuan santri mentasrif beberapa fi`il dengan segala bentuknya.
        • Nahwu : yaitu ujian penguasaan gramatikal Arab beserta prakteknya.
   2. Kriteria Pelulusan/Kenaikan
      Santri yang dinyatakan lulus adalah yang memperoleh nilai rata-rata 7,0 dari hasil akumulasi nilai :
      • Insya`: maks.10
      • Shorof: maks 3
      • Qiro`ah : maks 10
      • Mufradat : maks.4
      • Nahwu : maks. 3
      • Total: 30 : 3 =10
4. Materi Pengajaran
   Materi pengajaran bahasa Arab secara umum sebagai berikut :

II. Non Regular (ekstra kurikuler), meliputi:

1. Anjangsana. Adalah program pengabdian masyarakat yang sifatnya wajib dengan melibatkan santri yang telah tinggal di pesantren 6 tahun dengan tujuan melatih mereka bermasyarakat sekaligus sebagai bentuk pengabdian santri kepada mereka.
   Kegiatan ini dilaksanakan tiap akhir tahun setelah selesainya program pesantren dan sekolah dengan sumber pembiayaan 20 % dari pesantren dan sisanya hasil swadaya peserta.
2. Tahfidzul Qur an, ketentuan mengikuti program ini adalah :
   1. Telah lulus ujian Al Qur an bin nadhor
   2. bersedia mematuhi peraturan dan kegiatan-kegiatan yang dicanangkan oleh penanggung jawab program.
   3. mendapat ijin dari orang tua
   4. Sarana penunjang program ini adalah asrama khusus untuk menghafal dan dispensasi tidak mengikuti pengajian pagi dan sore (untuk digunakan tashih/setoran hafalan).
3. Tilawatul Qur an bi taghonni. Program ini dilaksanakan dengan dua spesifikasi :
   • Privat (pembinaan khusus bagi yang memiliki bakat dan minat)
   • Umum (diikuti semua santri)
4. Kegiatan-kegiatan lain di antaranya : kaligrafi, penerbitan, qosoid nabawiyyah, Al Banjari, pelatihan-pelatihan keterampilan dan wirausaha dll
5. Pengajian umum yang diasuh oleh masyayikh di luar jam pelajaran regular, berikut jadwalnya